Los pilares en los que se asentó esta nueva estructura fueron la excelencia, la renovación y la integración de sus miembros, entre disciplinas y con la comunidad institucional, recogiendo tanto el legado de maestros de las diversas disciplinas precursoras como la savia nueva proveniente de quienes fueron los primeros doctores en Ciencias Biomédicas formados al alero de nuestra institución a partir de 1989.
Así, sobre la contribución de fundadores como los doctores Hermann Niemeyer, Eduardo Cruz Coke, Gustavo Hoecker, Jorge Mardones Restat o Gabriel Gasic, entre muchos otros, nació el ICBM, cuya misión es desarrollar investigación de punta en áreas de interés nacional e internacional, incluidas las neurociencias, genómica y bioinformática, adaptación al medioambiente, transducción de señales, biología del desarrollo e infectología, entre otras líneas.
Tiene como propósito fundamental responder a los desafíos de salud y calidad de vida de la población, como también a aquellos que impone la búsqueda de nuevo y mejor conocimiento biomédico. Por ello, junto con abocarse a estudiar los principales problemas sanitarios de las sociedades modernas, sus investigadores realizan docencia a estudiantes de pregrado y postgrado, formando así a los mejores profesionales de la salud e investigadores en biomedicina de Chile y contribuyendo a expandir los horizontes científicos, pues la gran mayoría de sus académicos son doctorados y posdoctorados que están llevando a cabo proyectos Fondecyt, Fondef, Centros Fondap y Núcleos Milenio.
En la actualidad está formado por los programas disciplinarios de Biología Celular y Molecular, Biología Integrativa, Farmacología Molecular y Clínica, Fisiología y Biofísica, Fisiopatología, Genética Humana, Inmunología, Microbiología y Micología y, por último, Virología.
Las políticas del ICBM estimulan la colaboración de estos distintos grupos disciplinarios en todas las tareas académicas y para facilitar estas interacciones existen también otras instancias de asociación en torno a problemas relevantes de la biomedicina. Algunas de estas áreas son: Neurobiología, Epidemiología de infecciones prevalentes en Chile, Biología de las membranas y transducción de señales, Toxicología y medio ambiente, Patología de la hipoxia y la isquemia, Enfermedad de Chagas, Fisiología en Condiciones Extremas, Genómica Funcional, Cáncer, Bioinformática, Envejecimiento, Desarrollo embrionario y reproducción y Trasplantes e inmunocompatibilidad.
De esta forma, en los laboratorios que integran estos programas se han formado equipos de investigadores que han liderado proyectos articuladores y colaborativos de vanguardia, los que establecen las bases de innovadores espacios de desarrollo de nuevo conocimiento, tales como el Instituto Milenio de Neurociencia Biomédica, BNI, que nació el 2011, o el Núcleo Milenio de Enfermedades Asociadas a Canales Iónicos, que surgió el 2017.
En sus 25 años de existencia, el ICBM ha sido conducido por académicos electos entre sus pares, mandatados para liderar la labor de sus casi 200 académicos en la consecución de la excelencia, la renovación y la integración. El primer director fue el doctor Jorge Allende (1996-2001), Premio Nacional de Ciencias Naturales 1992; fue sucedido por los doctores Enrique Jaimovich (2002-2006), Norbel Galanti (2007-2010), Benjamín Suárez (2011-2014), Carmen Larrañaga (2015-2018) y Juan Diego Maya (2019 a la actualidad).